L’origine de Citou est celle d’un des plus anciens monastères bénédictins de la Montagne Noire : mentionné dès 791. Il était implanté dans la vallée de l’Argent-Double, en amont du Monastère de Caunes. Son étude a montré que la nef est le chœur sont au moins romans, mais le plan très simple et l’appareil assez fruste pourraient indiquer les environs de l’an mil comme période de construction. L’époque moderne est une période de mutation pour l’édifice. L’église Saint-Jean de Citou a probablement souffert pendant des Guerres de Religion. À cela s’ajoute, la croissance démographique qui a probablement motivé l’agrandissement de l’édifice vers le sud. Le millésime 1659, au-dessus du portail, correspond à ces travaux et au déplacement de l’entrée, initialement percée dans le mur ouest. C’est à cette époque que la statue Notre Dame de Saint-Jean prend place en l’église et que des peintures murales sont réalisées dans le cul-de-four.

En 1704, de fortes pluies changent le cours de la rivière, qui coule alors aux pieds de la sacristie, menaçant de l’emporter. Des travaux permettent de réorienter le cours d’eau et ainsi de préserver l’église. Vers le milieu du XIXe siècle, le Conseil de fabrique demande le transfert de la paroisse dans une nouvelle église, à construire au cœur du village, sous le prétexte que la chapelle champêtre était fréquemment inondée par les crues de l’Argent-Double. Le projet n’aboutira pas et des travaux de réfection sont faits sur l’église. Tout au long du XXe siècle, Saint-Jean de Citou est restauré et c’est en 1990, derrière l’autel de Saint-Jean de Citou, qu’un bas-relief en calcaire clair de l’Antiquité tardive représentant les douze apôtres est découvert.

Le projet de la chapelle de Citou doit d’abord comprendre des travaux de conservation/confortation afin d’éviter les risques d’effondrement.
Ces travaux doivent commencer par l’intérieur afin de remédier aux désordres structurels, puis se poursuivre par la confortation des parois extérieures et l’assainissement des parties semi-enterrées. On pourra ensuite réaliser des travaux de finition, d’embellissement et de mise en valeur.